昨日のIEで変なスキマができるという問題ですが、ファイルの文字コードを「UTF-8(BOM付き)」にしていたのが原因のようです。
「UTF-8(BOM無し)」にしたところすっきり解消。拡張子の種類は関係ありませんでした。
ここらへんに解説などがありますが、ちょっと時間がないのでまた今度勉強してみたいと思います。