promptメソッドで入力された内容はすべてstring型になる、という仕様。

let score;
score = prompt('点数を入力してください', 80);
if (score === 100) {
  document.write('<h1>100てーん！</h1>');
}

こんな例題。これで100を入力しても何も表示されない。

== は同値演算子。型は勝手に変換してくれる。
=== は厳密な同値演算子。型を変換しないので型も一致していないといけない。

なので上記の例題だと == では一致するけど === では一致しない。型が違うので。

今どきのプログラミングでは基本的に厳密な同値演算子（===）を使うようにしたほうがいいらしい。

あと、
不等価演算子は !=
厳密な不等価演算子は !==

!==と!===ではない。