okoze さんのおかげでIEで新規作成した日本語ファイル名が文字化けするという問題は解決しました。感謝です。addnewpageプラグインの問題だったようで、まとめようと思ってたらすでにきれいにまとめられていましたのでこちら を参考に。

で、

そもそもこのプラグインが必要なのは、Wikiに慣れていない人にとって「存在しないファイルへのリンクを作って新規ファイルを作成する」というやり方がどうしてもしっくりこないからです。ぱっと見どこにも書いてないですし、始めて使う人は途方に暮れてしまいます。他の一般的なツールと同じように、明確に「新規ファイル作成」というメニューが欲しい。そこでaddnewpageプラグインの導入となる訳ですが、ここでまた問題があります。

普通のサイトのナビゲーションに慣れている人間としては、サイドバーのあるテンプレートに変えて各ページの一覧を表示したいわけです。インデックスメニューを自動で表示する機能やプラグインもありますが、細かい並び替えができないため、思い通りの順番で表示させたい場合は手作業でメニューを作ることになります。となると、このaddnewpageプラグインで新規ファイルを作成できたとしてもあまり意味がなくなってしまいます。最初からファイルへのリンクを作ってそれを新規作成とすればいいのですから。

もうひとつ、日本語ファイル名の場合、URLがやたら長くなってしまいます。特にUTF-8の場合は日本語1文字に3バイト使うためなおさらです。これは好みの問題もあるでしょうが、例えば人に教えるときなどにこういう長いURLは避けたいところです。いちいちTinyURLとか使うのも何ですし。
なので結局、アルファベットでファイルを作っておいて、あとから見出しを付けてファイル名とする。これが一番スマートなのかなあと思います。

でも、こうするならファイルの頭に010、020とか接頭辞をつけていけばindexmenuプラグインでもソートできるな、などと思ったり。
あるいは手作業でメニュー項目をつくるなら、名前空間にもそれほどこだわらなくてもいいのかなと思ったり。
長いURLを許容するなら日本語のファイル名で作ってしまう。見出しをファイル名にしないデフォルトの設定にして、ファイル名の変更にはプラグインを使う・・・とか。

みんなが使いやすい、シンプルで直感的なルールというのが欲しいんですが、もう少し試行錯誤が必要なようです。